Un peligroso extraterrestre llamado "Boris el Animal" logra escapar de una prisión de máxima seguridad situada en la luna y emprende un viaje al pasado para acabar con la vida del hombre que lo puso tras las rejas: el Agente K. Como resultado de este acto, Kay desaparece del presente confundiendo al Agente J, quien no alcanza a comprender qué es lo que sucedió. Tras una investigación, Jay se da cuenta de que él mismo tendrá que viajar al pasado para advertirle a K de su asesinato antes de que este suceda. En 1969 las cosas son muy diferentes. K es un hombre joven que poco a poco gana prestigio entre los Hombres de Negro, por lo que no le cree una sola palabra a J cuando este le dice que viene del futuro para salvarlo. La trama se irá enredando y poco a poco J descubrirá un secreto en la vida de K que quizás sería mejor no revelar…Hombre de negro 3 cierra con la popular trilogía sobre los iconicos agentes...
